Nel 1622 muore il Cardinale Michelangelo Tonti, detto il Nazareno perché nel 1608 era stato nominato da Paolo V Arcivescovo di Nazareth (cioè di Barletta, ma il nome proviene dalla sede situata nella chiesa, oggi non più esistente, denominata S.Maria di Nazareth perché vi aveva trovato rifugio l’Arcivescovo di Nazareth a seguito dell’occupazione turca della Palestina nel XII secolo). Le immense ricchezze del Cardinale, che nel 1609 si era fatto rilasciare da Paolo V una Facultas testandi per poterne disporre a proprio piacimento, avrebbero dovuto essere lasciate, secondo le sue intenzioni, a sostegno dell’opera di S.Giuseppe Calasanzio per erigere il Collegio Nazareno. Invece, per quanto il testamento dettato in prossimità della morte il 19 aprile 1622 contenga ampie garanzie e generosi lasciti per familiari e domestici – alcuni dei quali addirittura in un codicillo aggiunto il giorno successivo, in punto di morte! – il testamento viene impugnato dalla sorella Cassandra e dai nipoti – che non si accontentavano dei beni ottenuti con donazioni precedenti – e inizia così una lite giudiziaria che durerà oltre cinquant’anni. In conseguenza della situazione il Collegio Nazareno, che doveva aprire nel palazzo di Via del Bufalo per effetto di una esecuzione testamentaria del 30 luglio 1624, grazie ai beni romani, di fatto non riesce ad aprire nemmeno nel 1627 quando gran parte dei beni di Romagna vengono finalmente rilasciati dai Tonti – in condizioni pietose.
Per due anni il Calasanzio si vede interdetta la possibilità di aprire le sue Scuole formalmente dalla Congregazione dei Vescovi e Regolari, ma in realtà perché in gravi difficoltà economiche. Infine il primo di gennaio del 1630 il Nazareno apre i suoi battenti con otto convittori che vi si recano in processione da S.Pantaleo, in divisa paonazza e con mostre color rosa secca, stabilendosi in una casa adiacente al palazzo alla chiavica del Bufalo dove abitava un certo don Biagio Fattori, uno dei familiari del Cardinale che aveva ottenuto di dimorarvi gratuitamente a vita grazie a uno dei codicilli testamentari. Le difficoltà economiche suggerivano di dare in affitto il palazzo, e in seguito anche la casa, per cui nel 1634 il Collegio viene ospitato a Montecavallo (il Quirinale) in una casa del Cardinal Barberini accanto al noviziato degli Scolopi. Entrambe le istituzioni, sfrattate dai Barberini in favore delle suore carmelitane, si spostano nel 1638 alla fontana di Mosè presso S.Bernardo alle Terme.
Nel 1639 il Collegio trova ospitalità in affitto nel palazzo del duca Girolamo Muti agli Orti Sallustiani dove rimane fino al 1644 per spostarsi nel palazzo Rusticucci presso S.Pietro. In quel periodo vengono ammessi per la prima volta convittori a pagamento. Si distinguevano dagli alunni che invece erano ammessi a titolo gratuito. Successivamente la distinzione diventa palese nel modo di vestire: nero per i ricchi paganti, paonazzo per i poveri. Rare eccezioni furono consentite nel modo di vestire per alcuni nobili. La perdita definitiva dei beni di Romagna alla fine del ‘700 cancella definitivamente la presenza di alunni ospiti gratuiti. Nel 1646 il Collegio si sposta a Borgo Nuovo e nel 1647, in piena crisi aperta dalla soppressione con Breve innocenziano dell’Ordine degli Scolopi, a Borgo S.Angelo.
Nel 1648 si sposta alla Salita di S.Onofrio, prima in due case presso la Chiesa, poi in un palazzo del Cardinal Giori poco distante. Nel 1689 finalmente il Collegio raggiunge la sua sede definitiva nel palazzo di via del Bufalo. In base al testamento del Cardinal Tonti gli alunni dovrebbero essere come minimo dodici – di cui due della sua città, Rimini – fino a venti, qualora le finanze lo consentano. In tal caso per i migliori sono previste borse di studio universitarie. Le regole del Collegio avrebbero dovuto essere formulate in accordo tra esecutori testamentari e Scolopi, ma di fatto vengono scritte dal Calasanzio, esemplari nella loro praticità. Esse impongono agli aspiranti alunni una selezione di almeno un anno presso le scuole Pie, per vagliarne il merito. Oltre il lettore – incaricato dell’insegnamento – è previsto un ripetitore – incaricato di assistere i collegiali nello studio (un tutor ante-litteram). La scuola è prevista per due ore e mezza la mattina e altrettanto la sera – meno d’estate. A turno un collegiale prepara un sermone in italiano per le feste religiose. È richiesta rigorosa pulizia di persone, cose e ambienti. Sono anche prescritti decoro e vitto sufficiente e sano. Previste ricreazione e scampagnate, con attenzione a non eccedere nell’irruenza a danno della salute.
Il Calasanzio resta rettore del Collegio fino alla sua deposizione a seguito delle vicende che travolgono l’Ordine fino al Breve innocenziano che lo chiude. Due reggenti si avvicendano con risultati assai scadenti. Nel 1646, su indicazione del Calasanzio stesso, il Collegio viene affidato a Camillo Scassellatis, che lo regge trentadue anni, con grande successo. A lui e a P.Pennazzi si deve la fondazione dell’Accademia degli Incolti che avrà grande successo come colonia d’Arcadia. Anche se l’Ordine scolopico viene reintegrato pienamente nel 1669, il Breve innocenziano attribuisce l’autorità sul Collegio agli Uditori della Sacra Rota e questo potere causa conflitti con il Generale dell’Ordine che portano nel 1715 a nominare il nuovo rettore Virgilio di S.Silvestro intimando al P.Teodosio di S.Caterina, nominato invece dagli Uditori, di ritirarsi. La lite, affidata dal Papa ad una Commissione, dura due anni e si conclude con la rinuncia degli Uditori al controllo sul Collegio a vantaggio del Papa che il 22 ottobre 1718 nomina il Cardinal Vicario Protettore del Collegio Nazareno ed esecutore testamentario del Tonti. Il Cardinal Vicario Parracciani era anche Protettore dell’Ordine e questo chiude la disputa. Viene nominato rettore Paolino Chelucci, altra figura di grande spicco che apre il periodo d’oro del Collegio.
Papi e principi apprezzano l’opera educativa: i primi visitando il Collegio a più riprese, i secondi affidandogli i loro figli. Anche le finanze del Collegio migliorano e si costruisce la nuova ala dell’edificio con l’Aula Magna; si acquista il palazzo di Albano dal Card.Colonna per la villeggiatura di chi non rientra a casa propria per le vacanze autunnali. Alla fine del ‘700 il Nazareno è culla della Scienza grazie soprattutto al P. G.V.Petrini, che fonda il Museo Mineralogico e attira su di sé e sul Collegio l’apprezzamento della cultura europea dell’epoca. Con la rivoluzione francese molti lasciano il collegio che si riduce a soli sei allievi nel 1800 cui si aggiungono i tre del Calasanzio di via dei Ginnasi chiuso il 31 ottobre. La perdita dei beni di Romagna impedisce la permanenza di alunni a titolo gratuito. Pertanto alcuni di loro vengono assunti in qualità di prefetti delle camerate. Il ritorno di Pio VII a Roma consente la ripresa delle attività e il ritorno dei collegiali, che probabilmente in quel momento smettono di vestire l’abito talare malgrado l’invito del Cardinal Vicario del 10 novembre 1802 a ripristinarlo. La divisa del Collegio diviene il frac con cappello a cilindro. Tra il 1808 e il 1809 di nuovo gravi minacce francesi: il generale Miollis rinuncia ad occupare il palazzo di Roma e sgombra quello di Albano per l’intercessione della famiglia Serbelloni amica dei Bonaparte, di cui due ragazzi frequentano il Collegio. Nel 1810 la chiusura del Collegio è scongiurata grazie all’intervento del principe Doria che ne dimostra l’indipendenza dall’Ordine di fronte alle soppressioni promulgate in giugno.
La situazione migliora rapidamente, ma paradossalmente il Collegio rischia nel 1824 la fusione con altri Collegi romani e di essere affidato ai Gesuiti… Un altro periodo difficile è quello dal 1846 al 1848. Il ritorno di Pio IX che era stato allievo degli Scolopi a Volterra, consente una ripresa costante. Il rettorato di Alessandro Checcucci, molto stimato dal Papa, è contraddistinto da un certo successo, indirizzandosi in particolar modo in ambito letterario. È di questo periodo la visita di S.Giovanni Bosco che nel 1867 esprime il suo apprezzamento per l’organizzazione del Collegio e la sua missione educativa. La soppressione degli Ordini religiosi del 1873 ha come conseguenza la perdita della sua amministrazione. Nel 1875 un decreto di Vittorio Emanuele II impone la costituzione di un’Opera pia retta da una commissione che si dimette in massa nel 1876. Una nuova commissione viene nominata successivamente e si occupa dei debiti in cui si dibatte l’Opera pia. Alcuni di essi peraltro sono nei confronti della Giunta liquidatrice dell’Asse Ecclesiastico (cioè l’Ordine). Di comune accordo con gli Scolopi che si occupano solo del governo scolastico, si decide di aprire la scuola ad alunni esterni paganti. Il liceo-ginnasio viene pareggiato nel 1884.
Nel 1908 si riammettono gli alunni a posto gratuito. In coincidenza con il terremoto del 1908 vengono aumentati a venti. Durante la grande guerra il palazzo di Albano viene concesso all’Esercito e vengono ammessi gratuitamente figli di Ufficiali caduti. La stessa divisa del Collegio all’inizio del secolo diviene simile a quella degli ufficiali di marina. L’anno 1930 si chiude con le celebrazioni per il terzo centenario sotto la direzione del P. Luigi Pietrobono. L’illustre dantista di fama nazionale viene nominato Grande Ufficiale della Corona d’Italia su proposta del Capo del Governo nel 1933. Negli studi su Dante e Pascoli ha due degni discepoli in P. Vannucci e O. Gori. Nello stesso anno finalmente l’Amministrazione dell’Opera pia torna nell’ordinarietà con la nomina di Giorgio Del Vecchio, già Magnifico Rettore dell’Università di Roma. L’anno successivo nasce l’Associazione giovanile dell’Azione cattolica del Collegio, guidata dal P. Tedeschi.
A Pietrobono succede nel 1938 Gaspare Pontrandolfi: il Nazareno ha beneficiato di sovvenzioni statali per effettuare restauri e ha circa novecento alunni. Il 30 maggio del 1939 i sovrani d’Italia fanno visita al Collegio e per l’occasione vi ritorna anche il Pietrobono, legato particolarmente alla regina Margherita da lunga amicizia, essendo stata istituita per sua iniziativa la lectura dantis. Un suo busto viene scoperto per l’occasione e il Salone le viene dedicato nel corso della cerimonia. La guerra al principio sfiora il Collegio soprattutto attraverso le cronache di atti eroici compiuti dagli exalunni. Dopo il 1943 il drammatico susseguirsi degli eventi non impedisce alla scuola di funzionare. Solo il convitto riduce drasticamente le presenze. Poco dopo la fine della guerra P. Quirino Santoloci succede al Pontrandolfi. Gli anni Cinquanta sono segnati dagli imponenti lavori di ristrutturazione, che portano alla demolizione del cosiddetto “Dente”, ala dell’edificio ormai fatiscente, e alla creazione del Largo del Nazareno. La scuola nell’interno viene ammodernata e resa più funzionale con la creazione di due palestre. Il 2 giugno 1955 la nuova bandiera dell’istituto viene insignita di Medaglia d’Oro concessa dal Ministero della Pubblica Istruzione per i meriti acquisiti nel campo dell’educazione. L’onorificenza viene attribuita direttamente dal Capo dello Stato Gronchi nel corso di una solenne cerimonia. Già da qualche anno i migliori alunni del Collegio vengono premiati alla presenza di alte cariche dello stato e personalità ecclesiastiche. A tali cerimonie partecipano più volte i Presidenti della Repubblica. Nel 1962 ricorrendo il cinquantenario della morte di Giovanni Pascoli, il Nazareno lo ricorda quale Commissario statale per la licenza ginnasiale e liceale dell’anno 1897. L’amicizia per il Pietrobono lo aveva portato a comporre una prima strofa di un inno al Calasanzio, mai terminato, e a partecipare ad una lectura dantis nel maggio 1904 del 33mo del Purgatorio. Nel 1963 apre il Liceo Scientifico.
Nel 1969 muore improvvisamente P.Quirino Santoloci. Alcune ombre si addensano sul Collegio, e si discute di trasferirlo ad una nuova e moderna sede presso Via della Pisana. La costruzione del nuovo Collegio ha inizio, ma presto sorgono difficoltà economiche, burocratiche e logistiche. Dopo lunga battaglia anche legale la vendita del vecchio edificio, andato all’asta per finanziare la costruzione del nuovo, viene annullata ed anche la nuova sede viene dimessa. Nella complessa operazione l’istituto perde alcuni locali su via del Tritone e il cosiddetto “Palazzetto” su via S.Andrea delle Fratte, ma conserva la sede originale del Palazzo Tonti. Nel 1970 sono ammesse alla frequenza scolastica le prime alunne. Dapprima in minoranza, poi ne vanno a costituire parte fondamentale. Anche il corpo insegnante laico si arricchisce con le prime prof. nei licei. Nel 1971 la Scuola Media e il Liceo Classico rinunciano al pareggiamento e le scuole divengono parificate. Negli anni Settanta i personaggi più in vista del Collegio sono i presidi Pucci e Fiori. Il primo, davvero vulcanica fonte di iniziative, riattiva l’Accademia degli Incolti e la Congregazione Lauretana, per rinverdire i fasti della tradizione; quindi d’intesa con la famiglia Salvo fonda il Premio “L’alunno più buono d’Italia”, intitolato a Ignazio Salvo, alunno esemplare, medaglia d’oro del secondo classico pur nelle sue menomazioni fisiche purtroppo fatali. Il Premio viene tuttora assegnato su segnalazione di presidi e insegnanti di tutta Italia. L’instancabile Pucci fonda anche il Premio Letterario Nazareno. La figura di Padre Fiori va invece collegata al travolgente sviluppo del Liceo Scientifico e alla grande innovazione di fine decennio: in un’Italia sempre più rivolta all’Europa e al mondo intero si sente la necessità di espandere i propri orizzonti verso altre culture e si apre il Liceo Linguistico. Il successo è tale che per necessità di locali nel 1979 viene chiuso il Convitto e il terzo piano viene attrezzato per accogliere le nuove classi. Il Linguistico apre nel 1981. Nel 1980, 350mo dalla fondazione, il Nazareno appare in piena salute. Il decennio si chiude commentato dai giudizi lusinghieri dell’opinione pubblica espressi sui giornali anche a commento di interviste rilasciate da famosi exalunni, che degli anni trascorsi sui banchi raccontano momenti indimenticabili.
Negli anni Novanta si rendono evidenti le prime conseguenze del progressivo spopolamento del centro storico a vantaggio della città degli uffici. La difficoltà di spostarsi e il calo demografico determinano la chiusura della Scuola Elementare e nel 1999 anche della Scuola Media.
Nel Collegio vengono ospitate istituzioni universitarie, quali la European School of Economics e l’Università della terza età. Nel novembre 1996 in una conferenza tenuta in Aula Magna alla presenza di premi Nobel e personalità del mondo politico e delle istituzioni, prende la parola Mihail Gorbaciov: “[…]sogno, anzi spero, di contribuire a realizzare una società democratica nella quale si possa credere nei valori liberali come in quelli sociali, laici e spirituali. Credo di non essere l’unico […]sogno” Lassù S.Giuseppe Calasanzio sorride…